却说此时长安，由于董卓性情残暴，随意杀人，部下将领言语稍有差错，就被当场处死，致使人人自危。
司徒王允与司隶校尉黄琬、仆射士孙瑞、尚书杨瓒、郑公业等密谋除掉董卓。
中郎将吕布骁勇过人，董卓出入常以吕布作护卫。但是吕布因为个人恩怨，一直暗中怨恨董卓，伺机发作。吕布见王允时，有意流露出对董卓的不满，于是王允厚待吕布，将诛杀董卓的计划告诉他，并让他做内应。
吕布早在李肃处吃了一回暗亏，总算有所成长，便把自己的担忧告诉王允说：“这件事情对我来说是很简单的，只是缺少天下人的支持。”
王允说：“我手中早有皇帝亲手书写的诛卓诏书！”吕布于是应允。
吕布投靠董卓后，便陷入了复杂的政治旋涡之中，因吕布缺乏政治斗争的经验，故常被人当成工具加以利用。在司徒王允的心目中，吕布不过是一名侠客，而他之所以厚加接纳，目的在于实现他的政治图谋，即利用吕布来刺杀董卓。而吕布并无兴趣琢磨王允的心思，他也是在利用王允朝中权臣的身份，寻得他的支持才可以名正言顺的诛杀董卓这个欺骗玩弄自己的人。
192年四月，皇帝刘协患病初愈，在未央殿大会朝中百官。董卓身穿朝服，乘车入朝。从军营到皇宫的道路两侧警卫密布，左侧是步兵，右侧是骑兵，戒备森严，由吕布等在前后侍卫。
王允命士孙瑞自己书写诏书交给吕布，吕布让同郡人、骑都尉李肃与勇士秦谊、陈卫、李黑等十余人冒充卫士，身穿卫士的服装，埋伏在北掖门等待董卓。
董卓一进门，李肃举戟刺去，董卓内穿铁甲，未能刺入，只伤了他的手臂，跌到车下。董卓回头大喊：“吕布在哪里？”
吕布应声说道：“有诏除贼！”
董卓大骂说：“庸狗，你胆敢如此！”
吕布不发一声，手持铁矛将他刺死，并催促士兵砍下他的头颅。主簿田仪及董卓的奴仆扑到董卓的尸前，又被吕布杀死，共杀了三个人。
吕布随即从怀中取出诏书，命令官兵们说：“皇帝下诏，只讨董卓，其他人一概不问。”
官兵们听后都立正不动，高呼万岁。百姓大街道上唱歌跳舞，以示庆祝。长安城中的士人、妇女卖掉珠宝首饰及衣服，用来买酒买肉，互相庆贺，街市拥挤得水泄不通。
董卓的弟弟董旻、董璜以及留在坞的董氏家族老幼，都被他们的部下用刀砍死，或用箭射死，董卓的尸体则被拖到市中示众。
当时天气渐热，董卓一向身体肥胖，油脂流到地上，看守尸体的官吏便作了一个大灯捻，放在董卓的肚脐上点燃，从晚上烧到天亮，就这样一连烧了几天。受过董卓迫害的袁氏家族的门生们，把已被斩碎的董卓尸体收拢起来，挫骨扬灰。
郿坞中藏有黄金二三万斤，白银八九万斤，绫罗绸缎、奇珍异宝堆积如山。刘协任命王允主持尚书事务；吕布为奋威将军，假节，礼仪等待遇均与三公相等，封温侯，与王允一起主持朝政。
董卓对蔡邕有知遇之恩，蔡邕在王允主持的会议上对董卓之死稍作感慨，被王允指责为“天诛有罪而反相伤痛”，是国贼董卓的死党，即收捕下狱。
蔡邕陈辞谢罪，请求免列，愿黥首刖足，在狱中继续汉史的编修工作。太尉马日磾和许多士大夫为蔡邕求情，指出蔡邕是旷世奇才，素以忠孝著称，不能随便处死，应让他续修汉史，完成一代大典。
王允说：“当初武帝不杀司马迁，至使司马迁能作《史记》流传后世，其中多有对皇帝不敬之词。而且我曾经认为修桥补路，竭诚为公，做个好人就能取得百姓的爱戴从而名垂青史，现在才看清，只有杀人放火、狠下心来才能做出一番成绩！”于是坚持要杀他。
蔡邕闻讯，在狱中自杀，时年六十。蔡邕的女儿蔡文姬得知父亲身死，随即致书于王允道：“什么是权利？当一个人犯了罪，廷尉依法判他死刑，这不叫权利，这叫正义。而当一个人同样犯了罪，您可以判他死刑，也可以不判他死刑，于是赦免了他，这就叫权利！而您，根本不懂得如何运用手中的权利，我不仅为父亲死在你的手中感到悲伤，也为大人您的明天感到担忧！”
想蔡邕精通音律，才华横溢，通经史，善辞赋，书法精于篆、隶，有“蔡邕书骨气洞达，爽爽有神力”的评价。其独创“飞白”书体，对后世影响甚大。后人曾评其飞白书“妙有绝伦，动合神功”。蔡邕生平藏书多至万余卷，所著诗、赋、碑、诔、铭、赞，连珠、箴、吊、论议、《独断》、《劝学》、《释诲》、《叙乐》、《女训》、《篆执》，祝文、章表、书记等洋洋洒洒近千篇。这样一个平素品行清白的命世之才，书法、辞赋大家，没有死于祸乱之手，却死在一言之间，可见当时的确是国家无道之秋。
就连隐居徐州的著名经学家郑玄听闻蔡邕的死讯后，也不禁扼腕叹息道：“汉朝的事，谁来考定啊！”
之前荀攸因为谋刺董卓事泄而被捕入狱，同谋之人有人自杀，有人逃走，唯独荀攸在狱中沉着镇定，言谈和饮食都与平时一样，恰好董卓被杀，荀攸得以幸免。
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