上万清军冲到护城河边跟城上明军对射，城上明军利用城垛回射，五轮羽箭对射下来，城上明军义勇有数百人伤亡，清军也倒下了近千人，不过蚁附的清军过了干枯的护城河，把云梯搭在了内丘城城墙上。
清军一千三百副云梯和三十辆冲城车，近万的清军开始夺城，内丘城上石灰、金汁飞泻而下，清军不是眼睛被石灰眯眼，就是被金汁泼中皮开肉绽，一下子就伤了四五百清兵，紧接着滚木礌石、砖瓦纷纷飞下，不到一刻钟清军伤亡就过了千数。
清军支持不住败退了回来，明军趁机捣毁云梯、冲城车，清军一次进攻下来，除了伤亡两千士兵之外，还损失五百百副云梯和十四辆冲城车，阿巴泰气得都快疯了，强*着清军在进行了两次攻城，清军又在内丘城下留了五六百具尸体，阿巴泰知道无法攻进内丘城，下令清军停止了攻城。
十一日这一天，阿巴泰没有让清军进攻内丘城，不过当天旁晚阿巴泰接到一个消息，清军一支一千骑兵的打粮队，在南宫县被明军伏击，只有两百多骑逃掉，阿巴泰听了嘴唇都咬出了血。
十二日这一天中午，清军在唐山附近的三百游骑和五百精骑，被锦衣卫主力包了饺子，八百清军只有二十多人逃回内丘城清军大营，阿巴泰得到这个消息后，气得当时就掀了矮桌，把大帐里的器物砸了个稀巴烂。
阿巴泰连连遭受锦衣卫的打击，使他产生了撤离内丘城回临清城的想法，就在十二日晚上，阿巴泰得到了一个令人振奋的消息：
崇祯十五年十二月初，清军偏师四万人攻兖州，在兖州城外安营扎寨，把城围得水泄不通，当时的兖州知府是邓藩锡，（他字晋伯，号云中，浙江金坛人，崇祯甲戌进士，曾任南京兵部主事）调兖州任职才四十天，他和部下赶忙组织力量加强防守。那时最大的问题是粮饷的缺乏，邓藩锡为了筹饷，去找兖州最大的富户鲁王筹饷，然而贪鄙得一毛不拔的守财奴朱以派竟不为所动，他哭穷告苦，作哑装聋；邓知府一走，便赶快使人挖地窖埋藏金银。
邓知府带头拿出了自己全部积蓄，激励将士；其他人及城中居民也纷纷解囊，有钱出钱，有粮出粮，有人出人，邓知府率领属下官吏、军士及百姓，同仇敌忾，矢志守城，他们分班把守四门，昼夜巡逻，衣不解带，还组织了敢死队，趁黑夜偷偷缒出城去，用大炮攻打清营，杀伤清兵千人之多。
清兵造了云梯和冲车，一面猛攻南门，又一面在城西北角积土登城，这些企图都被邓知府率领下的军民打破，但是在坚守数日之后，却因清兵收买城内姓刘的副将为内应，十二月初八日，传统的腊八节，就是这天凌晨，清兵在内奸的指引下悄悄地从西门进了城，此时城中大部分人尚在梦中，值班军士听到动静，赶忙敲锣示警，众将士立刻披挂上阵，却发现敌人已黑压压涌进城来，于是一场激烈的巷战在古城展开，刀光剑影，血肉横飞；惨酷壮烈，动人心魄。
监军参议王维新、推官李昌期、副将丁文明、滋阳知县郝芳声皆战死，兖州知府邓藩锡在力战之后，终于被清兵捉住，清将力劝其投降，他却闭目装睡，置之不理；敌人把刀架在他脖子上，说不降就砍他的头，他破口大骂；敌人要他下跪，他反而把双脚高高地翘起来，清将恼羞成怒，令人砍断他两腿，他仍大骂不止；又砍断了他双臂，最后竟残忍地把他大卸八块，肢解而死，邓藩锡在兖州的亲人只有一个小妾和还在襁褓中的幼子，小妾闻讯后抱幼子投井自杀。
已经离职的滋阳知县樊吉人，（元城人，进士）他本已调往京城任兵部主事，尚未来得及赴任，遇上了清兵围城，他积极地参与了防守。城破时他正在北关的城楼上值班，见大势已去，难以挽回，自刎而死；清兵进城后，烧杀*掠无恶不作，四座城门放火烧毁三座，城内民房焚烧殆尽，百姓被杀无数。
鲁王府所受劫掠破坏严重，朱以派自缢后，乐陵、阳信等郡王都死妃妾及府中其他人被害者不计其数，鲁王府被劫掠一空；长史俞起蛟竟率全家人二十三口一起自杀，清兵的这次屠城，其酷烈的程度可以视为后来骇人听闻的“扬州十日”、“嘉定三屠”的前奏，清兵攻城时，东南隅防守最力，所以清兵进城后痛加报复，在那里杀人最多。
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