海德里希利用后来对罗姆的冲锋队进行清算的机会，对巴伐利亚政治警察系统进行大清洗，淘汰政治思想不过硬和业务水平不强的冗员。具体实施过程中海德里希仍然是唯才是举，淡化政治立场，因此网罗了大批人才。慕尼黑警察局政治处的两名资深侦探缪勒和胡贝尔）属于极端仇视工人党的天主教巴伐利亚人民党，据说此二人在海德里希率领党卫队接管慕尼黑警察局时曾打算组织武装抵抗。大清洗过程中缪勒和胡贝尔都是先被解雇，而后由海德里希特批召回，原因很简单，缪勒对德国农工党内部了如指掌，而胡贝尔则是其他右翼党派和教会方面的专家。此二人后来都得到重用，当太初十八年海德里希主持帝国保安总署以后，缪勒就担任盖世太保总监一直到战争结束，胡贝尔后来成为奥地利盖世太保地区总监。海德里希的下一个动作就是大肆抓捕反对派人士，保安处辛苦建立的档案资料派上了用场。国会纵火案以后希特勒迫使总统兴登堡签署了紧急状态法案，授予警察当局不经司法程序而拘捕犯人的“保护性拘留”权力。德国农工党、社会党、天主教人民党和犹太团体都在抓捕之列，巴伐利亚各地的监狱因此人满为患。
事实上被海德里希抓捕的大部分人很快得到释放。据统计巴伐利亚州太初十三年里共有16,409人被保护性拘留，其中12,554人得到释放。海德里希非常善于利用保护性拘留制造一种恐怖气氛，使“敌对*分子”不敢轻举妄动。当时的《巴伐利亚观察家》报曾对此有一段精彩的描述：“每个城镇乡村总有一些人突然消失，几个星期后情绪沮丧、惊魂未定地回到家里。老百姓听说这种事情以后受到惊吓，众口相传制造的恐怖气氛往往言过其实，这样使异议分子惶惶不可终日，敌对活动于是陷于瘫痪。”海德里希后来主持盖世太保以后，将这种方式扩展到德国全境，进而覆盖德军占领的欧洲各国。
这种大造声势而轻于惩罚的方式也是师承于他的老师，中国社会调查部的老大余健余部长。在国内的肃清敌特和反立宪分子的工作中，余健曾经通过各种方式抓捕了大约三百万人，其中二百七十多万人都是在拘留十天后经过各种的审讯（一般不用刑讯逼供）后释放，但是他们被告知由于他们曾经的言行触犯了国家法律，虽然不构成犯罪，但是也将记录在案，希望他们能及时悬崖勒马回头是岸。在这种大规模的抓捕和宣传下，国内在太初十年后曾经一度抬头的共和势力被打压下去，学校里的各种激进组织也多数不了了之，学生们也惊讶的发现很多积极组织他们参加各种社团活动的老师和师兄们被释放后往往谨言慎行，再无当日粪土当权者的澎湃。而一个个由国外势力资助或者指挥国内那些知名的专家学者或者社会名士阴谋颠覆帝国政权，甚至是出卖国家利益来换取国际势力的支持的证据被一一披露出来，加上当事人的公开审判，让很多参加这些社团的青年人幡然醒悟，对那些打着共和平等旗号的人嗤之以鼻。
海德里希的政治眼光相当敏锐，他认为工人党夺权以后，党组织和冲锋队已经完成了历史使命，应该功成身退。“现在主要任务是巩固权力，而不是继续无休止的折腾。”冲锋队尾大不掉最后招致覆灭的命运证实了海德里希的看法。在整肃冲锋队的这些日子里，海德里希考虑最多的问题是“我们该怎样防止党卫队重蹈冲锋队的覆辙？”他为党卫队勾画了未来的蓝图，那就是变成一支警察力量担当保卫政权的责任。希姆莱对此深表赞同。
太初十三年4月，戈林入主普鲁士政府以后，立刻在普鲁士内务部的基础上组建一支秘密警察，不受普鲁士警察授权法律的管辖。起初戈林给这个机构命名为“秘密警察署”（GeheimePolizeiAmt），但由于简写GPA和恶名远扬的红俄秘密警察“契卡”的简写GPU太相近，大概戈林也不屑与契卡为伍，于是最后定名为“国家秘密警察”（GeheimeStaatsPolizei），简称盖世太保（Gestapa，后改为Gestapo）。
太初十三年底，希姆莱意外地得到了一位强援。时任帝国内务部长的弗里克（WilhelmFrick）计划改革魏玛共和国的联邦体制，削弱各州政府的权力而加强帝国政府的中央集权，改革重心就是建立统一的国家警察系统。弗里克的改革计划在戈林这里碰了个硬钉子。当年11月，戈林颁布法令，使盖世太保脱离帝国内务部的领导。弗里克明白单凭自己的力量对付不了戈林，于是转而谋求希姆莱的支持。在弗里克的干预下，希姆莱和海德里希接管了普鲁士以外其他各州的政治警察系统，形成和盖世太保分庭抗礼的态势。与此同时，海德里希的保安处也展现了比盖世太保高出甚多的效能。12月间，保安处破获一个托洛茨基分子刺杀戈林的阴谋，而迪耶斯的盖世太保对此一无所知，着实让戈林尴尬。最后希特勒也开始向戈林施加压力，戈林终于妥协了。太初十四年4月22日，希姆莱正式出任国家秘密警察总监，而海德里希则代表希姆莱接管了盖世太保总部。
党卫队副总指挥兼警察上*将海德里希刚刚踏足盖世太保就摆出一副强人姿态，对机构人事进行大刀阔斧的改革，在各个关键位置上安插自己的亲信，很快就完全控制了盖世太保。柏林政界用难以置信的目光注视着海德里希施展身手，这个毫无从政经验和警务专业训练的年轻人将帝国警察的精华管理得井井有条，受到下属的普遍敬畏和崇拜。海德里希有超强的理解分析能力，往往能迅速剥离枝节抓住要害。他的记忆力惊人，记得总部里的每一个电话号码，能够回忆起几个月前发生的事件细节，并给出相关的档案号，连主办人都自叹弗如。
但是谁又能想到这位叱咤德国政坛和秘密战线的纯种日耳曼青年竟然是一位暗杀了真身之后的冒名顶替者？作为射雕帮（社会调查部的简称）在德国的两枚定时*炸＆弹之一，33G童鞋终于打入了德国工人党的核心阶层，为日后的“莱茵春天”埋下了种子。
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