败回大营之后，阿巴泰计点清军的损失，这一战清军出动了二万五千多人马参战，出战的人数多达近二万余人，阵亡的人数竟高达六千余众，其中包括满八千的披甲兵一千六百余人，辅兵二千五百佘人。有六个牛录基本全军覆没，如果再加上第一天损失的人马，清军战死的人数以经达到了全军的三成以上，虽然不算是元气大伤，但也是损失惨重了。大清自建国之后历年以来，五次攻明之战，还没有那一次败得这么惨的。
而在当天晚上，阿巴泰就病倒在大营里。原来阿巴泰毕竟也是年过五十的人，在第一次攻城战中淋了一天的雨，寒气就以经侵入体内，今天一战在战场上还吐了血，虽然当时还强自撑着，但回营之后，阿巴泰又羞又气，心里着急加上火，因此就两眼一黑，就昏倒在地不醒人事了。
图尔格和其他的众甲喇、牛录见了也都大吃一惊，赶忙找军医来给阿巴泰看病，其实在这个时代，无论是清军还是明朝，军队里的医疗水平都很低，军医只能看一些简单的刀剑伤，基本都是聊胜于无。被找来的两个军医费了好半天的劲，揉前胸、捶后背、掐人中，好不容易才算是把阿巴泰给弄醒了过来。然后又给开了几付药，这才退了下去。
虽然知道阿巴泰病重，需要休养，但现在可不是平安的时候，大军也不可能就这么扎在济南城下。因此图尔格只好坐在病床前和阿巴泰商议，济南城恐怕是打不下来了，还是尽早撤军北返算了。
阿巴泰虽然人昏昏沉沉的，但脑子却还很明白，虽然现在清军剩余的兵力还有两万三四千人，但最精锐的满八旗披甲兵却拆损大半，而且全军的士气低落，在这个时候，别说继续攻打济南，就是想全身而退，返回关外都不是一件容易的事情。就算明军中不出第二个商毅，只要是再有一二个卢象升这样敢打的人，在中途再拦截清军一下，只怕也够清军受了。因此还不如尽早撤军，赶上博洛的前队人马，合兵之后一起撤退。同时，阿巴泰也因为自己有病，不能理事，将全军的指挥大权交给了图尔格。
两人商量确定之后，图尔格立刻下令，放弃营中的所有辎重，全军只带十天的口粮，连夜就撤军。而随军充当苦役的三千多名明朝的百姓全部杀死，连同留下来的辎重粮草物资一把火烧光。同时又命人去通知驻守东昌府的岳乐，让他将东昌府全城屠尽，放火烧光，然后与自己的人马汇合，一起北返。
到了第二天一早，等商毅接到了消息之后，来到济南城西南的清军营地时，这里己经只剩下一片瓦砾废墟，其中还有三千多俱烧得焦黑的尸体。不用猜也能知道，这些尸体一定都是被俘的明朝百姓了。
到了这时，商毅也终于能够确定，清军以经完全从济南府境內撤走了，比在另一个时空里,差不多提前了一个月。根据史料记载，这次清军入关奔袭，一共掠走了明朝的人口三十六万九千余人，虽然商毅解救了十五万左右的百姓，但还是有超过二十万的人口被淸军掠到关外。
不过商毅对此也无能为力了，他以经尽了自己的全力，在这次清军的入关奔袭中，能够保护一方的百姓，能够守住穆陵关，能够从清军的虎口中夺下济南，解救出十几万人口，这以经就是一个奇迹了，商毅当然知道,自己不可能做得更多了。
感概了一番之后，商毅命人清理百姓的残骸，找地方掩埋。同时又开始打扫昨天激战之后的战场。
这一次守卫济南，一共顶住了淸军两次攻城，共计斩首六千七百三十五级，生擒二百五十七人，如果不是有许多尸体被炸烂，还有一部份尸体被掩埋在地下，斩首的数量将会超过七千。而缴获的战利品有火炮八门、铁甲二千八百二十七件、锁甲一千五百七十七件、棉甲三千一百五十九件、皮甲二千二百八十二件，刀枪盾牌锣鼓旗帜等器械计有七千四百八十三件，同时还夺得了战马一百一十七匹，并且又从淸军们身上搜出了白银七万佘两。胜利也算是十分辉煌了。
而穆陵军自身也战死了一千零七十三人，大部都是在济南府招募的新军，这也就是老兵和新兵的差别。但经过了这一战的磨砺之后，相信这些新兵也会加快成熟的时间。
虽然商毅估计这一回清军是真的撤走了，但还是不敢大意，仍然派出侦察兵向去打听清军的动向，一直到三天以后，清军以经完全走出了山东境内，连东昌府的清军也撤了，虽然在清军撤走时，进行了一次屠城，并且又放了一把火，将东昌府烧了个干干净净，但毕竟东昌府不是在商毅的防区內，他也才算完全放下心来。自己穿越到这个时代之后，大半年的努力，就是为了对付这一次清军进攻，现在这一关终于抗是过去了。
这时沈扬也来向商毅告辞，表示清军撤退之后，锦衣卫在山东也没有事了，因此也要北上到河北山西一带去打探清军的动态。同时沈扬还吿诉商毅，穆陵军取得的战功他以经如实的全部报到了北京的朝廷，相信用不了多久，朝廷就会下旨到青州府来，对商毅加官进爵，而按惯列，商毅会到北京去亲自面见皇帝谢恩，并在兵部和五军都督府扮理相关的手续，也许在不久之后，他们会在北京重逢。
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