至此，李自成己拥有河南、湖北之地，拥兵五十余万，而且大权独揽，以经拥有了争取天下的实力。
这时张献忠的势力尽管还不如李自成，但在攻取了武昌之后，又收编了部分罗汝才和革、左五营的旧部，实力大增，便也学着李自成的样子，在武昌建立起自己的政权来。而且他比李自成还更进一级，自称西王，以楚王府为王宫，称明朝为朱朝。同时还颇有附庸风雅之意，还完起了开科取士的游戏，还录取了状元、进士，并授以官职。
两位农民军的大佬都开始向着正规化的方向发展，在这种情况下，崇祯自然是坐不住了。正好这时陕西总督孙传庭上疏主动请战，要统兵东出潼关，进取河南之地。崇祯正是无人可用之时，难得孙传庭主动请缨出战，自然是大喜过望，立刻就要下诏调孙传庭出关平寇。
不过朝中也有不少官员认为孙传庭出关是冒险之举，因为孙传庭部几乎是崇祯的最后家当了。一但有个闪失，不仅关中难保，而且还会危及全局，因此孙传庭还是应该暂时呆在陕西不同，视吴甡督师的结果而再作决断。
但内阁首辅陈演却极主张孙传庭出关，可从和吴甡、左良玉形成南北夹攻之势，有望一举击溃李自成和张献忠。当然陈演的实际目地，还是为了分一分吴甡的功劳。
但陈演的主张却是正中崇祯的心意，因为这个时候的崇祯，就像是一个输红了眼的赌徒，将自己所有的本钱全部都押了出去，做最后一搏。因此崇祯不顾其他大臣的反对，立刻下旨，进孙传庭为礼部尚书，改任督师、总制陕西、四川、河南军务，赐尚方宝剑，尽早领兵出关参战。
同时，崇祯又下令吴甡，让驻军庐州，立刻开始进攻李自成。又下令左良王，立刻从九江回军向西，进攻张献忠。合力剿灭匪寇之乱，同时下达圣旨到穆陵关，催促商毅出兵。
而且为了这次合力剿灭匪寇成功，崇祯又作出许多姿态，再一次下了“罪己诏”并宣布免河南五府三年租税，不过实际上这时河南以不在明朝的控制之下了。并且又许下了赏格：生擒李自成者，赏万金、爵通候；擒张献忠者，官极品，世袭锦衣卫指挥使。
商毅知道了这些消息之后，也不禁感叹，这一回崇祯可真是下了血本了，比在另一时空的规模，还要大了不少。当然如果这三部人马如果能够精诚合作，全力以赴，虽然说不一定就能一举扫平李自成和张献忠，但使局面缓合一些，让眀朝在多撑几年，还是完全做得到的。只不过商毅知道，想让孙传庭、吴甡、左良玉这三个人团结合力，是跟本做不到的。
这时己是崇祯十六年六月十二日，局势发展到了这一步，商毅也知道，在也拖不下去，应该出兵了，出兵的日期就定在六冃十五。因此一面转告朝廷，自己出兵的日期，一面调集人马，准备出发。
其实这时穆陵关里的各项准备工作都做得差不多了，也完全可以出兵。按照商毅的计划，先期出动是第二团和第三团，骑兵营和两个侦察连，另外配辅兵一千人，郎中五十人，共计有九千人左右。携带三千石粮食，每名火枪兵配一百二十发弹药，每门火炮配带八十发弹药，实心弹和散弹各占一半。第四团将于十五天以后，携带补给物资，启程上路。
六冃十五曰，关城也为出发的队伍举行了盛大的欢迎议式，随后士兵们告别了亲，踏上了南下的征途。
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