这样一来，剩余的新兵只能组成三个营，商毅将这三个营暂时编入到三个主力团中，三个新营的各级军官一部份由考核成绩优秀的新兵中选拔，也有一部份是从三个主力团中抽调，冯进、章一平、吴礼林都当上了连长，也是新兵中官职最高的人。但三个新营的营长全部都是由老兵担任，以达到以老带新的目地。
而落选的和新加入的预备军合计约还有二千五百多人，商毅将他们也编成三个营，李定国、沈云英，还有另一名原明军的把总刘远报出任三个营的营长。
虽然这一次李定国和沈云英没有参加选拔，但他们都亲眼目睹了商家军选拔正式士兵的全过程，因为整个选拔的过程即严厉而又公平，选上的固然高兴，选不上的也无话可说。只能怨自己平时训练不足。说穿了中国人其实都是不患贫，患不公。因此两人也对商毅佩服的五体投地。
整编完毕之后，商家军的总兵力接近一万六千人，加上预备军和辅兵，总计有两万多人。与刚南下时相比，兵力增加了三成多，对实现商毅立足浙江的目地，基本足够了。
随后商毅才下命，整理钱粮物资。准备东进。
这时南下收获不小，主要是从张献忠身上狠狠的发了一笔横财，共计获得了白银七十余万两，粮食十多万石。不过由于武昌的难民消耗巨大，而且安置居民也花费了巨大的钱粮费用，因此总计花耗了十万多两白银，两万多石粮食。另有马匹近四千匹。这也是商毅要扩大骑军营的重要基础。同时还拥有大小船只一百三十二艘。因为武昌到南京正好是沿江而下，因此商毅也决定，船只用来装运钱粮物资，士兵沿江步行。
不过得知商家军要离开武昌，居民都来见商毅，忍请商家军留下来继续保护武昌府，百姓们纷纷下拜，哭声盈野。连不少商家军士兵也都十分感动。
几名受百姓公推出来的老者跪在商毅面前，叩头不止，道：“商将军啊！我们这辈子也没有见过你这样的好官，你这一走，要是贼寇再杀回来，我们可怎么办啊！你就留下来吧，就留在武昌府别走了。”
王夫之在一边看得十分感动，也劝道：“乡亲父老们，你们放心吧，商将军另有重任在身，不得不离开，而且朝廷会马上派遣地方官员来管理武昌，也就和我们留下来一样。”
有一个老人听了，道：“王先生，这年头朝廷的官员那一个不是只想贪污发财，有谁会管我们这些百姓的死活，上那儿还去找商将军这样的好官。他这一走叫我们怎么活下去呀！”
王夫之听了，心里也只能苦笑，他虽然没有做过官，但也知道这个老人说得一点都不假，现在就是这样的世道。
商毅心里也被弄得酸溜溜的，只好道：“各位乡亲们，你们的好意我都知道，其实我也不想离开武昌府，可惜我并不是湖广的官员，只是平乱到这里来，如今朝廷有令下来，我也不得不离开。不过张献忠以经被我们赶跑，谅他也不敢回来了，你们就放心在武昌安居，重建家园吧，我会给你们留下一些钱粮，曰后如果有缘，说不定我们还会再回来的。”
众人听商毅这么说，也知道挽留不住，只好一个个都向商毅叩首告别。随后商毅又下令，给每一户人家发放五两白银、五斗粮食，至少可以保证他们未来二三个月之内的生活。
大军启程之后，还有不少百姓们跟在人马两侧，一直送出十几里地。
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