朱慈烺很明白，这样的文武分治制度，不一定很完美，而且面对时代的发展，以后也需要再作出调整，比如拓展海外时，随着地盘的变大，很多问题又会出现。
最后，朱慈烺确定了巡抚制度，命吴忠宣布各省巡抚的名单。
巡抚一词，最早出现在南北朝时，基本上是皇帝派遣官员出巡边镇和赈灾抚民。
大明开国之初，在各省设立都司（都指挥司）、布政司（承宣布政使司）、按察司（提刑按察使司），分别主管军事、民政、司法，合称三司。
按道理说这三权分立的制度挺好的，然而不到百年的时候，随着土木堡之变后，文官集团势力做大，武将集团地位下降，三司的平衡被打破。
加上社会矛盾激化，三司条条分割，都在推卸责任，运转不灵。
这个时候，大明朝廷才另置巡抚，地位在三司之上，使三权归一，掌管地方军政大权，行政效率蹭蹭往上提，朝廷对地方的统辖权也重新得到加强。
即便如此，大明的巡抚依旧是非地方正式军政长官，哪里不稳定就往哪里派出巡抚，基本都是都察院的御史兼职。
巡抚开始是主管民政方面的，随着天启、崇祯朝地方战事变多，巡抚侧重于主管军事，走了文官指挥军队的下坡路。
鉴于此状况，朱慈烺正式确立巡抚制度，在各省设一名巡抚，从二品，掌管一省民政、司法、监察大权，不掌军事。
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